Po cofnięciu przez Gwatemalę kostarykańskiej wyłączności na uprawę tytoniu, w 1804 roku, rząd zaproponował plantatorom tytoniu wprowadzenie nowych upraw indygo, kakao i trzciny cukrowej. Z Kuby sprowadzono pierwsze sadzonki kawy. Propozycja jednak nie odniosła zamierzonego rezultatu. Dlatego w 1808 roku władze wydały definitywny zakaz uprawy tytoniu, co zakończyło się ostrymi protestami (pierwszymi na taką skalę w historii). Dla złagodzenia sytuacji zapowiedziano nową reformę agrarną, jednak na jej zapowiedź władze vicekrólewstwa Gwatemali nie odpowiedziały.

W 1811 Audiencja Gwatemali zabroniła handlu Kostaryki z Panamą. Decyzja miała za zadanie ochronę gwatemalskich kupców. Kostaryka musiała w związku z tym kupować droższe towary z Gwatemali. Rady miejskie Cartago, Heredii i San Jose razem z gubernatorem Juan de Dios de Ayala ostro zaprotestowały.

W 1815 roku, biskup Nikaragui narzuca klątwę na tych mieszkańców Kostaryki, którzy nie płacą dziesięciny kościołowi. Zgodnie z taryfą z 1746 roku, objęte nią było bydło, produkty ziemi, ptaki domowe, owoce, mleko i jaja.

Około 1818 roku zachodnie wybrzeże terroryzował pirat Benito Bonito (zwany "krwawą szpadą". Grabił i palił hiszpańskie galeony, a łupy zabierał na wyspę Kokosową. Jedną z jego najbardziej spektakularnych akcji było przejęcie konwojowanego złota w Górach Acapulco (Meksyk) bez jednego wystrzału. Jego największym błędem było wzięcie do niewoli dwóch Brytyjskich żołnierzy, którzy wzbudzając jego zaufanie, dostali się następnie do jego pirackiej załogi. Rok potem jednak nieszczęśnicy wpadli w ręce brytyjskich władz, którzy skazali ich na powieszenie. Darowano im życie w zamian za wskazanie kryjówki Benito, którego w następstwie złapano i powieszono. Podobno żadnemu z dwóch Brytyjczyków również nie dane było powrócić kiedykolwiek na wyspę.

Około 1818 roku znany oficer marynarki brytyjskiej - Bennett Graham odpowiedzialny za patrolowanie południowego Pacyfiku, postanowił porzucić służbę i oddać się piractwu. Gdy został wreszcie złapany, wraz z większością swoich kamratów zginął w egzekucji. Reszta załogi trafiła do kolonii karnej na Tasmanii. Wśród nich była kobieta Mary Welch, która gdy po 20 latach wyszła na wolność, zaczęła utrzymywać, że jest w posiadaniu tajnej mapy Grahama wskazującej miejsce zakopania na Wyspie Kokosowej 350 sztab złota zrabowanych z hiszpańskiego galeonu. Jej opowieści były tak przekonujące, że zdecydowano się sfinansować ekspedycję, która miała odszukać zaginioną fortunę. W ten sposób Wealch już jako stara kobieta, jeszcze raz postawiła stopę na wyspie. Nie wzięła jednak pod uwagę jak dużo mogło się zmienić podczas jej długiej nieobecności. Przede wszystkim zniknęły naniesione na mapę punkty orientacyjne, w tym olbrzymie drzewo cedrowe, pod którym miały być zakopane sztaby złota.

W 1820 roku, kiedy znany awanturnik Jose de San Martin zmierzał do Limy (Peru), hiszpański vicekról oraz przedstawiciele ponad 50 kościołów w mieście postanowili przenieść miejskie złoto i srebro w inne miejsce. Wśród drogocennych przedmiotów objętych przeniesieniem znalazł się naturalnej wielkości posąg Dziewicy Marii. Stwierdzono, że nierozsądnie byłoby ukrycie ich w pobliżu Limy. Wniesiono ją więc na statek cieszącego się dużą renomą brytyjskiego kupca Willima Thomsona. Plan zakładał, że załadowany nimi statek Thomsona - "Mary Dear" będzie krążyć po wodach przybrzeżnych aż do czasu unormowania się sytuacji w kraju. Jednak ładunek o takiej wartości okazał się być pokusą nie do odparcia. Pewnej nocy Thomson i jego załoga poderżnęli gardło mianowanemu przez vicekróla strażnikowi i po wyrzuceniu jego ciała za burtę wzięli kurs na Wyspę Kokosową, gdzie zakopali ładunek. W drodze powrotnej "Mary Dear" została złapana przez hiszpańską marynarkę wojenną. Załoga została oskarżona o piractwo i oprócz Thomsona i jego najwierniejszego towarzysza) zgładzona w egzekucji. Ocaleni w zamian za darowanie im życia zgodzili się zaprowadzić Hiszpanów do zagrabionych kosztowności. Jednak gdy tylko cała ekspedycja znalazła się na wyspie, Thomson i jego kamrat uciekli w dżunglę i nie zostali już odnalezieni. Zrezygnowani Hiszpanie musieli opuścić wyspę z pustymi rękami.

Kiedy w 1821 roku Meksyk wyswobodził się spod panowania hiszpańskiego, Kostaryka i inne państwa Ameryki Środkowej poszły w jego ślady. Proklamowanie niepodległości tych państw nastąpiło 15 września 1821 roku. Sama wiadomość o przyznaniu Kostaryce niepodległości dotarła do niej z miesięcznym opóźnieniem... (13 października)

W 1822 roku oficer kreolski Augustin de Iturbide założył w Meksyku swoje cesarstwo. Kostaryka zastanawiała się czy do niego nie przystąpić. Po uzyskaniu niepodległości we wszystkich krajach przesmyku wzrastało znaczenie państw - miast. W Kostaryce dużą rolę w polityce państwa odgrywały cztery miasta Mesety Centralnej: Heredia, Cartago, San Jose i Alajuela. Dwa pierwsze z nich zamieszkane przez konserwatywną arystokrację, opowiadały się za przystąpieniem do Cesarstwa, a dwa pozostałe rządzone przez progresywnych republikanów za częściową niepodległością w ramach Federacji Ameryki Środkowej. Do ostatecznego rozstrzygnięcia doszło podczas tak zwanej wojny domowej, której główna bitwa rozegrała się na wzgórzach Ochomogo (przedmieścia Cartago). W jej wyniku zwyciężyła koncepcja Federacji.

(1823 - 1838). W 1823 roku Kostaryka przystąpiła do Federacji Zjednoczonych Republik Ameryki Środkowej (razem z Gwatemalą, Hondurasem Salwadorem i Nikaraguą). Wstąpienie do federacji podyktowane było głównie faktem, że Kostaryka w dalszym ciągu była za słaba na samodzielność. Aby stać się niezależną republiką, musiały zajść w niej poważne zmiany. Federacja dawała jej szansę przygotowania do pełnej niepodległości. W 1838 roku Unia rozpadła się po raz pierwszy, a na czele państwa stanął dyktator Braulio Carillo. Kiedy w 1842 roku wydawało się, że Kostaryka na dobre odłączyła się od Federacji, na jej ówczesnego szefa państwa - Braulio Carillo napadł zwolennik Federacji, Honduranin Francisco Morazan, który ogłosił się głową państwa.

Pierwszym szefem państwa Kostaryki został Juan Mora Fernandez. Założył on pierwszą w kraju drukarnię, ufundował Dom Pieniądza oraz szkołę św. Tomasza. Wprowadził on ponadto system sądowy i rozdzielił ziemię pod uprawę kawy. Mimo zapoczątkowania postępowych reform, nieuważnie stworzył nową elitę baronów kawowych.

W 1823 roku Zgromadzenie Narodowe zadecydowało, że mieszkańcy będącej częścią NIkaragui prowincji Guanacaste mogą się opowiedzieć za przynależnością do Kostaryki w referendum. W tamtych czasach Nikaragua była państwem w którym różne frakcje polityczne i liderzy ścierali się zbrojnie. 25 lipca 1824 roku w wyniku głosowania prowincja Guanacaste ostatecznie przyłączona zostaje do Kostaryki. W czasach kolonialnych była to oddzielna kolonia, która z czasem uzależniła się od Nikaragui.

Powołał go prezydent Jose Rafael de Gallegos. Polegało na co czteroletniej rotacji stolicy państwa między czterema miastami Kostaryki: Cartago, San Jose, Heredia i Alajuela. Zniósł go Braulio Carillo.

W 1835 roku wybuchła druga wojna domowa tzw. "Wojna Ligowa". Jej przyczyną było m.in. niezadowolenie kleru ze zniesienia w tym samym roku dziesięciny oraz fakt, że stolicą państwa od niedawna było San Juan de Murcielagos.

We wrześniu 1835 roku przeciwko rządowi powstali zbrojnie mieszkańcy Cartago (pod dowództwem Maximo Cordero). Dołączyły do nich potem społeczności Alajueli i Heredii. San Jose natomiast pozostało wierne prezydentowi Carillowi. 14 października, oddziały Cartago pobite zostały pod Cuesta de Moras (wzgórze niedaleko Curridabad). Josefinos na czele z don Jose Angel Soto kontynuowali za nimi pościg aż pod same rogatki Cartago. Nad brzegiem rzeki Virilla zbierała się natomiast ludność Heredii i Alajueli. Prowodyrzy tej krótkiej wojny skazani zostali potem na wygnanie oraz zapłacenie wysokich grzywien. Dla utrzymania pokoju, rząd zdecydował się przywrócić dziesięcinę.

W 1836 roku grupa kostarykańskich emigrantów zaatakowała Guanacaste z terytorium Nikaragui. Wspierani byli przez siły nikaraguańskie. Całością dowodził Manuel Quijano. Wkrótce jednak wskutek heroicznej walki mieszkańców prowincji oraz sił rządowych napastnicy zostali wyparci z kraju.

W 1837 roku Kongres wybrał na zastępcę Braulio Carillo - Manuela Aguilara. Kilka dni po objęciu władzy, wybucha przeciw niemu rewolta zwolenników Carillo, jednak szybko zostaje ona zdławiona. Aby zaprowadzić spokój w kraju Aguilar postanowił m.in. przeprosić uczestników niedawnej Wojny Ligowej, którzy zostali represjonowani.

27 maja 1838 roku Braulio Carillo dokonuje pierwszego w historii kraju zamachu stanu, w wyniku którego Manuel Aguilar zostaje wypędzony z kraju.

W pierwszej połowie XIX wieku, jedynym sposobem oszczędzania pieniędzy były gliniane dzbany, w których Ticos umieszczali złote i srebrne monety i zakopywali je pod korzeniami drzew.

Kawę sprowadził do Kostaryki z Kuby w 1808 roku gubernator Tomas de Acosta. Ziarna kawy Arabiki natomiast sprowadzone zostały przez Hiszpanów z Afryki i Środkowego-Wschodu. Pierwszym człowiekiem, który zasadził sadzonki kawy i potem rozszerzył jej uprawę na cele komercyjne był niejaki Feliks Welarde. Jej nasiona i ziemia pod nią oferowane były wówczas każdemu, kto tylko chciał. Uprawiana początkowo tylko w Mesecie Centralnej, w latach czterdziestych stała się głównym towarem eksportowym Kostaryki. Transportowano ją karawanami w caretach ciągnionych przez muły do portu Puntarenas, skąd przewożone były statkami przez Chile do Europy. Transport drogami Kostaryki zabierał sześć dni, a przewoźnicy zatrudniani do tego zadania przez plantatorów kawy, zapraszali w podróż niejednokrotnie swoje żony lub córki. W okresie tym narodziła się nowa klasa społeczna baronów kawowych.

Za wzrost przemysłu kawowego,częściowo odpowiedzialny był angielski kupiec-handlowiec William Le Lacheur. W 1843 roku, powracając z USA do Anglii, zawinął do portu Puntarenas, w poszukiwaniu atrakcyjnego ładunku. Jego statek wypełniono kawą. Nie miał on jednak wystarczająco pieniędzy by od razu ją spłacić. Ufni Ticos dali mu więc kredyt, który spłacił w ciągu dwóch lat.

W kwietniu 1842 roku, Honduranin Francisco Morazan, wraz z 500 salwadorskimi żołnierzami cumuje w porcie Caldera i następnie maszerując dochodzi aż do Alajueli. Tam, w miejscu zwanym El Jocote dochodzi do walki z 700-osobowymi oddziałami kostarykańskimi pod przywództwem Vicente Villasonora. Jej wynik zakończył się niepomyślnie dla tych ostatnich. Ostatecznie podpisano pakt, na mocy którego prezydent Braulio Carillo złożył władzę i wyemigrował do Salwadoru.

29 maja 1842 roku dochodzi do buntów mieszkańców Heredii przeciwko nowej władzy. 11 listopada podobne niepokoje wybuchają w Alajueli. Sześć godzin potem generał Antonio Pinto (kierujący wojskiem w San Jose) wypowiada posłuszeństwo Francisowi Morazanowi. Do pomocy temu pierwszemu przybywa pułkownik Florentino Alfaro z oddziałami z Alajueli. Morazan zostaje pojmany w Cartago, sprowadzony do San Jose i 15 września 1842 roku rozstrzelany.

W 1844 roku, większością głosów, na nowego prezydenta wybrano Francisco Maria Oreamuno. Rządził jednak tylko miesiąc, potem wyprowadzając się do swojego rodzinnego miasta w Cartago. Skończyło się na tym, że Trybunał wytoczył mu proces o opuszczenie urzędu.

W 1848 roku Kostaryka obwołana zostaje republiką, a pierwszym jej prezydentem zostaje Jose Maria Castro Madriz. Propaguje on wolność prasy oraz tworzy szkołę średnią dla dziewcząt. Wkrótce dochodzi jednak do dalszych rywalizacji o polityczną dominację poszczególnych frakcji rodzin kawowych. Organizowanych jest kilka nieudanych rewolt (kierowanych m.in. przez poprzedniego prezydenta Jose M. Alfaro). W 1849 roku doprowadziło to do obalenia prezydenta i powołanie w jego miejsce jednego z najbardziej wpływowych arystokratów kawowych - Juana Rafaela Morę.

18 marca 1851 roku silne trzęsienie ziemi nawiedziło Mesetę Centralną. Zniszczeniu uległy budynki publiczne i prywatne w San Jose, Cartago i Heredii. W tej ostatniej nadwerężona została m.in. konstrukcja katedry.

Wkrótce po trzęsieniu ziemi z marca 1851 roku wydano polecenie tymczasowego zamknięcia katedry w Heredii. Istniała obawa, że wstrząsy mogły poważnie naruszyć jej konstrukcję. Dlatego zdecydowano o przeniesieniu tabernakulum do położonej bardziej na południe kaplicy San Jose. Jednocześnie powstały dwie koncepcje remontu katedry. Władze lokalne opowiadały się za zburzeniem północnej wieży oraz fasady i wybudowanie na ich miejscu nowych. Księża natomiast uważali, że wystarczy odbudować jedynie fasadę. Spór zakończyło powołanie komisji rządowej, która przychyliła się do planu władz kościelnych, stwierdzając, że budowla w pozostałych częściach nadaje się do użytku. 6 marca 1855 roku zakończono wszelkie prace renowacyjne.

William Walker był amerykańskim awanturnikiem, który w 1856 roku chciał zawładnąć Ameryką Środkową, aby mieć pod kontrolą ważny strategicznie region tranzytowy wykorzystywany przez poszukiwaczy złota udających się z wybrzeża atlantyckiego Stanów Zjednoczonych do Kalifornii. Wcześniej zdobył stopnie naukowe prawnika i doktora, a także pracował jako żurnalista. Jako pierwszą, w 1855 roku zaatakował Nikaraguę, którą ostatecznie zawładną rok później, stając się jej prezydentem. Miał zamiar przywrócić w niej niewolnictwo oraz przekopać kanał między jeziorem Nikaragua, a Pacyfikiem, tak by wraz z wykorzystaniem naturalnego szlaku wodnego jakim była graniczna rzeka San Juan, umożliwić przeprawę statków przez przesmyk Ameryki Środkowej.

W tym czasie stanowiąca naturalną granicę między Kostaryką, a Nikaraguą, rzeka San Juan, wykorzystywana była do żeglugi śródlądowej przez korporację bogatego przemysłowca Vanderbilta. Trasę tą wykorzystywali poszukiwacze złota z USA, którzy przeprawiali się nią do jeziora Nikaragua, i dalej lądem do Pacyfiku, skąd udawali się do kresu swej podróży - Kaliforni.

Wkrótce Walker zmusił Wangerbilta do wycofania się z interesu, w ten sposób umacniając swą pozycję w kraju. Pozostałe państwa regionu odczuwając coraz większe zagrożenie z jego strony, mobilizowały swoje siły zbrojne. Prezydent Kostaryki Juan Rafael Mora zmobilizował 9.000 żołnierzy, których wyposażył w 2.000 sztuk muszkietów. 11 marca 1856 roku, składające się z 240 mężczyzn, zwiadowcze oddziały Walkera przekroczyły granicę z Kostaryką. W tym samym czasie kostarykański prezydent, jako naczelny dowódca prowadził już swe jednostki z San Jose do Liberii.

19 marca oddziały Walkera zatrzymały się, by odpocząć w posiadłości Santa Rosa (dzisiejsze terytorium Parku Narodowego Santa Rosa), 35 kilometrów od granicy z Nikaraguą. W jej centralnej części, na wzgórzu o panoramicznym widoku, usytuowana była budowla o grubych murach. 20 marca, po wymianie ognia w której po stronie Kostaryki zginęło czterech oficerów i 15 żołnierzy, armia zmusiła Walkera do odwrotu. Walker uciekał z kryjówki jako pierwszy, zostawiając na miejscu starcia 39 swoich żołnierzy. Kostarykańczycy nie poprzestając na zwycięstwie pogonili go aż pod miejscowość Rivas w Nikaragui.

Walker zebrawszy nowe siły, w nikaraguańskim Leon, sformował kolejny oddział 500 żołnierzy. 11 kwietnia jeszcze raz uderzył na Rivas, gdzie pozostawały wciąż jeszcze wojska kostarykańskie.

W walce, po stronie Kostaryki wsławił się szczególnie niejaki Juan Santamaria, który ginąc zdołał podłożyć ogień pod kryjówkę wroga. Wkrótce okrzyknięto go bohaterem narodowym, a jego pomnik do dzisiaj stoi w Alajueli.

Wkrótce po starciach, w Rivas zapanowała epidemia cholery, która zdziesiątkowała przygotowującą się do odwrotu armię Kostaryki. Osłabieni żołnierze dotarli do stolicy przynosząc zarazki. W wyniku tego zmarło 10 tysięcy mieszkańców (10 % populacji kraju).

W listopadzie 1856 roku, doszło do potyczki zbrojnej między dwoma statkami marynarki wojennej Nikaragui i Kostaryki. Mimo, że Kostaryka dysponowała dużo większą siłą, potyczkę wygrała Nikaragua zatapiając statek. Morze pochłonęło 59 z setki marynarzy kostarykańskich.

Niemieccy imigranci przybywali do Kostaryki w XIX wieku w dwóch falach. Pierwsza miała miejsce około roku 1821, po ogłoszeniu niepodległości, a druga trwała od połowy wieku do pierwszej wojny światowej.

W 1841 roku Kostaryka nawiązała stosunki dyplomatyczne z Niemcami. Wówczas Hanzatlantyckim konsulem dla Ameryki Środkowej został Carl Friedrich Rudolf Klee. Po tym wydarzeniu Niemcy zaczęli powracać z prowincji w obręb stolicy San Jose, gdzie dołączali do innych rodzin kawowych farmerów. W połowie wieku podjęte zostały dwie próby zorganizowanej kolonizacji niemieckiej: w miejscowości La Angostura (niedaleko Turrialba w prowincji Cartago) oraz u stóp wulkanu Miravalles.

W grudniu 1856 roku Kostaryka zaatakowała punkty graniczne przy rzece San Juan. Walkę sfinansował przedsiębiorca amerykański Vanderbilt, ten sam, którego Walker przegonił wcześniej z Nikaragui. Kostaryka wygrała potyczkę i zaczęła kontrolować główny szlak wodny obu krajów, odcinając tym samym dostęp Williama Wallkera do Atlantyku - źródła jego zaopatrzenia.

W 1858 roku podpisany został traktat graniczny Canaz-Jerez. Porozumienie mówiło o wbudowaniu 20 betonowych słupów granicznych, które powinny być wytyczone wzdłuż 3 km na południe granicy linii brzegowej jeziora Nikaragua. (W latach 1897-1900 amerykański inżynier Edward P. Alexander ustawił pierwszych 12 słupów. W 1905 resztę wkopali Kostarykańczycy, jednak wiele z nich zbyt głęboko w ląd swojego kraju, co przyczyni się do późniejszych dyplomatycznych kłótni).

W XIX wieku, do prowincji Limon ściągają Murzyni z Panamy, Hondurasu i Jamajki. Zatrudniani są przy budowie linii kolejowej San Jose - Limon oraz na plantacjach bananów.

W połowie wieku Kostaryka posiadała silną ekonomię ze względu na eksport kawy. Producenci tego trunku posiadali także monopol na udzielanie pożyczek. 7 lipca 1858 roku, powstał pierwszy bank w kraju pod nazwą Medina, co poważnie zaniepokoiło kawowych baronów. Zdaniem historyków, była to bezpośrednia przyczyna zamachu stanu z 1859 roku.

Baron kawowy Jose M. Montealegre zainicjował zamach stanu przeciwko ówczesnemu prezydentowi Juanowi Rafaelowi Mora (któremu wypowiedzieli posłuszeństwo dowódcy koszar w San Jose: Maximo Blanco i Lorenzo Salazar), w wyniku którego sam objął władzę w państwie. Główną przyczyną tego kroku było założenie rok wcześniej pierwszego w Kostaryce banku, który poważnie ograniczył wpływy producentów kawy, mających dotychczas monopol na udzielanie pożyczek. Pierwszym krokiem nowego prezydenta było cofnięcie koncesji Banku Medina i jego likwidacja. Otrzymał od rządu Peru pożyczkę w wysokości 150.000 pesos na całkowite pozbycie się wszelkich śladów zwolenników filibustierów z kraju. Krytykowany był za niedemokratyczne postępowanie ze zwolennikami Mora.

Po odejściu od władzy Mora zajął się tworzeniem czynnej opozycji przeciwko Montealegre. Pierwsze zamieszki wybuchły w lutym 1860 roku w Guanacaste, jednak szybko zostały zażegnane. 14 września Puntarenas zawładnął zwolennik Mory Ignacio Arancibia, który zaczął przygotowywać grunt pod przyszłą inwazję. Dwa dni potem Mora przybył z Salwadoru z uzbrojonym oddziałem pod zwierzchnictwem gen. Canasa. Pomaszerowali w kierunku San Jose. W tym samym czasie rząd wysłał przeciw nim armię pod przywództwem generała Maximo Blanco. Do spotkania doszło pod Angostura w pobliżu Puntarenas i zakończyło się wygraną wojsk rządowych. Wkrótce potem, Mora oraz kilku innych przywódców powstania zostało rozstrzelanych w Puntarenas.

Kolejnym prezydentem został Jesus Jimenez. W 1864 roku zadecydował o udzieleniu schronienia byłemu prezydentowi Salwadoru Gerardowi Barriosowi. Był bardzo niepopularny w swoim kraju i z tego powodu krok Kostaryki był bardzo krytykowany przez Gwatemalę, Salwador, Honduras i Nikaraguę. Domagały się one wydalenia Barriosa, a gdy Kostaryka odmówiła, na początku 1865 roku zerwały z nią stosunki dyplomatyczne.

Jose Maria Castro na prezydenta Kostaryki został desygnowany w 1866 roku. Za jego prezydentury wybudowano pierwszą linię telegraficzną łączącą Puntarenas z Cartago. Był zwolennikiem wolnośi prasy mimo że niejednokrotnie był przez nią atakowany. Pod koniec swej administracji chciał wysunąć kandydaturę swojego ministra don Juliana Volio. 1 listopada 1868 roku wywołało to duże, militarne poruszenie. Jego głównymi autorami byli dowódcy koszar w San Jose Blanco i Salazar.

Po tym wydarzeniu ponownie do władzy doszedł Jesus Jimenez, który poirytowany wzrastającym znaczeniem armii w rządzeniu krajem pozbył się Salazara i Blanco.

W kwietniu 1870 roku, zamach stanu przeprowadził przy pomocy swych 22 żołnierzy Thomas Guardia. Odsunął w ten sposób od władzy Jesusa Jimeneza. Na stanowisko tymczasowego prezydenta powołano Bruno Carranza, który po trzech miesiącach podał się jednak do dymisji. W konsekwencji parlament powołał na kolejnego tymczasowego prezydenta właśnie Thomasa Guardię, który wkrótce obwołał się dyktatorem. Mimo, ze jego władza była silnie scentralizowana, jego rządy nie były jednak typowymi rządami dyktatora. Wykorzystał on zyski z uprawy kawy oraz podatków do sfinansowania publicznych inwestycji, jak budowa dróg i budynków. Udało mu się ukrócić wpływy baronów kawowych. Wprowadził także poprawki do konstytucji z 1869 roku o obowiązku nauczania dla obu płci w szkołach wolnych od opłat.

W maju 1876 roku Guardia zadecydował o mianowaniu Aniceto Esquivela na stanowisko głowy państwa, pozostawiając sobie jednak zwierchnictwo nad siłami zbrojnymi. Jednak podczas jego wizyty w Gwatemali, jego oponenci nakłaniali Aniceto Esquivela do wypowiedzenia mu posłuszeństwa i przejęcia pełnej kontroli również nad wojskiem. Wywołało to zamieszki w koszarach w Heredii, San Jose i Alajueli. W rezultacie w lipcu Esquivel został obalony. Kolejnym prezydentem został Vicente Herrera Zeledon. Rządził jedynie cztery miesiące i był w zasadzie marionetką Thomasa Guardii. W 1880 roku Guardia ponownie powierza szefostwo kolejnemu człowiekowi, tym razem Salvadorowi Larze. Głównym powodem był zbliżający się jego wyjazd do Europy w celu leczenia. Lara rządził siedem miesięcy i zdołał stworzyć Narodowe Archiwum i Urząd Statystyczny. W styczniu 1882 roku Guardia powrócił do kraju i zwołał nowe wybory prezydenckie.

W 1871 roku, rząd Tomasa Guardii rozpoczyna budowę trasy kolejowej z San Jose do portu Limon. Zlecono ją Henry`emu Meiggsowi, który zaprosił do współpracy swojego bratanka Minora C. Keitha. Wkrótce ten drugi całkowicie przejął kontrolę nad budową. Rząd zaciągnął pożyczkę od Wielkiej Brytanii. Prace jednocześnie rozpoczęto w Alajueli i Limon, a wszelkie materiały przywożone były z Puntarenas. W 1884 roku na dokończenie budowli podpisano ponowne porozumienie z Minorem C. Keithem. W zamian przyznano mu 99-letnią koncesję oraz duże połacie gruntów po stronie atlantyckiej. Ten uparł się by przy wyrębie lasu i układaniu torów zatrudniać Murzynów. W konsekwencji, tysiące robotników do pracy nadciągnęło z pobliskich karaibskich wysp, głównie Jamajki. Minor sfinansował budowę kolei w większości z zysków z uprawy plantacji bananów, którymi zarządzał. W grudniu 1890 roku most nad rzeką Birris w końcu połączył odcinki z Alajueli i Limon, i w ten sposób cały projekt uwieńczony został sukcesem.

Całkowity koszt budowy wynosił 8 milionów dolarów. W czasie trwania robót na skutek epidemii i wycieńczenia zmarło 4.000 robotników (więcej jak podczas wykopu Kanału Panamskiego).

Nikaragua zaczęła podważać wcześniej uzgodniony traktat graniczny i za wszelką cenę chciała wyeliminować Kostarykę z udziału w planowanej budowie kanału transkontynentalnego przez rzekę San Juan. W 1876 roku, Thomas Guardia zdecydował się wypowiedzieć wojnę Nikaragui. Posunięcie to zaakceptowały również władze Gwatemali, które postawiły jednak warunek, by Thomas Guardia przekazał prezydenturę Aniceto Esquivelowi. Kiedy Guardia podążał już ze swymi oddziałami do Guanacaste, Esquivel ogłosił, że jest za bardziej pokojowym rozwiązaniem tego sporu. W wyniku tego Guardia odsunął go od władzy.

W 1886 roku kryzys graniczny ponownie odżywa (Nikaragua nie chce przedłużyć traktatu granicznego Canaz-Jerez), i aby uniknąć wojny, Gwatemala i Stany Zjednoczone oferują swoją mediację. Podczas spotkania w stolicy Gwatemali arbitrażu podjął się prezydent USA Grover Cleveland. Udało mu się utrzymać traktat w mocy.

9 czerwca 1882 roku, do władzy dochodzi Prospero Fernandez Oreamuno. Podczas jego rządów zawiązało się antyjezuickie i antyklerykalne Stowarzyszenie Francmasoneria. W odpowiedzi, biskup Bernardo August-Thiel rozpoczął agitację religijną, która groziła zburzeniem porządku publicznego. Wydarzenia te stały się bezpośrednim powodem dla którego w czerwcu 1884 roku prezydent wygnał biskupa i Jezuitów z kraju, ogłosił laickie nauczanie i zabronił formowania religijnych stowarzyszeń. W San Rafael de Cartago przeprowadzona została nawet próba insurekcji (kierowana przez Ojca Ortiza).

Kostaryka wciąż posiadała nieustaloną granicę z Panamą. Rozwiązania nie przyniosły traktaty graniczne z lat 1856, 1864 i 1873. W 1880 roku Kostaryka chciała zająć tereny przy przylądku Burica, na co Kolumbia zareagowała groźbą wojny (Panama nie była jeszcze niepodległa). Ze względu na swą słabość militarną, Kostaryka musiała od tego pomysłu odstąpić i poprosiła Hiszpanię o arbitraż. Wtedy jak i w 1886 roku mediacja ta nie została jednak uznana. W 1896 roku Panama (Kolumbia) i Kostaryka, zgodziły się jeszcze raz uzgodnić sprawę granicy. Rozstrzygającą decyzję pozostawiono francuskiemu prezydentowi Emile Loubetowi, który po czterech latach przyznał prawie całe sporne tereny Panamie (wówczas jeszcze wchodzącej w skład Kolumbii). Kostarykański prezydent Gonzales Viguez odrzucił jednak to rozstrzygnięcie uzasadniając, że proponowana granica nie będzie pokrywać się z z ukształtowaniem powierzchni.

W 1885 roku ówczesny prezydent Gwatemali Jose Rufino Barrios żył wizją stworzenia na nowo Unii Środkowoamerykńskiej. Miał duży wpływ na rządy w Salwadorze i Hondurasie, a po dymisji Thomasa Guardii zapragnął również mieć wpływ na losy Kostaryki. Kongres Gwatemali zatwierdził plany powołania Unii nie wykluczając działań zbrojnych. Na wieść o tym prezydent Kostaryki Presbero Fernandez wezwał do zbrojnego przygotowywania się do obrony San Jose. Przebywając w Guanacaste postanowił jak najszybciej udać się do stolicy, jednak ciężko chory odszedł po drodze w Atenas. Tymczasem rosła niechęć pozostałych krajów Przesmyku do Unii. Nikaragua i część Salwadoru były temu ałkowicie przeciwne i tylko Honduras wspierał Gwatemalę w tej idei. W Liberii gen. Victor Guardia przygotowywał oddział 500 żółnierzy z którym wyruszył morzem do Salwadoru. W walkach na tamtym terenie Barrios zginął, a pięć skłóconych krajów podpisało porozumienie pokojowe.

Pod koniec XIX wieku, przez miasto przewijał się cały krajowy eksport kawy. Statki załadowywane były od 80 do 120 workami kawy tylko podczas przypływów (aby uniknąć osadzaniu ich na mieliźnie). Puntarenas spełniało także funkcję portu zbożowego. Zboże docierało do niego z Guanacaste poprzez ujście rzeki Tempisgue i zatokę Nicoya. Podobnie było z żywym inwentarzem, transportowanym barkami z równin Guanacaste do Puntarenas, a dalej drogą lądową do San Jose.

1 stycznia 1872 roku oddano do użytku Nadbrzeże Żelazne. Kilka lat potem by usprawnić połączenie pomiędzy dzielnicą Barranca, a molo, wybudowano trakcję trolejbusową na szynach. Przedsięwzięcie okazało się nieudane i przylgnęło do niego określenie Kolei Osłów. W 1890 po wybudowaniu kolei łączącej stolicę z konkurencyjnym portem nadatlantyckim - Limon, Puntarenas straciło swą rolę w eksporcie kawy.

W 1889 roku Kostarykańczycy doznali namiastki demokracji. Bernardo Soto pod koniec swej kadencji (1 maja 1889 roku) postanowił przekazać władzę swojej zaufanej osobie Ascencion Esquivelowi. Wywołało to ostry sprzeciw kleru, konserwatystów i członków zlikwidowanej oligarchii. Wszyscy zjednoczyli się w opozycyjną Partie Konstytucjonalną i wysunęli własnego kandydata Jose Joaguina Rodriqueza, który zwyciężył w wyborach prezydenckich. Asygnowany przez Soto Esquivel nie uznał ich wyniku wskutek czego 14 sierpnia rozpoczęły się podżegane przez kler masowe protesty ludności w Heredii, San Jose i Cartago (10.000 demonstrantów). (Odwrotnie w Alajueli mieszkańcy gotowi byli poprzeć zbrojnie Esquivela). W celu uspokojenia sytuacji Soto powrócił do władzy i kiedy 7 listopada liberałowie (zwolennicy Esquivela) podburzyli stołeczną policję i ponownie groziło rozruchami, postanowił on o powołaniu na tymczasowego prezydenta członka opozycyjnej Partii Konstytucjonalnej Carlosa Durana. Wydarzenie to uważa się za początek demokracji w Kostaryce.

Rządy Soto to typowe rządy liberałow. Gloryfikowali oni czyny bohatera narodowego Juana Santamarii, podczas gdy ich główny przeciwnik - kościół szerzył kult dziewicy Los Angeles.

Tę wojnę na słowa wygrał kościół, ponieważ liberałowie za nadto krytykowali tradycje. Soto był świadomy spadku popularności i to miało niemały wpływ na jego decyzję o opuszczeniu władzy. Od tej chwili, stosunkowo spokojne rządy przebiegały do 1919 roku.

Rządy Jose Joaguina Rodrigueza Zeledona, (mimo, że rozpoczęły się zgodnie z konstytucją), posiadała elementy typowej dyktatury. Wielu jego przeciwników i dziennikarzy zostało skazanych na wygnanie. Nie mógł on współpracować z Kongresem, który rozwiązał w 1892 roku. W lutym 1894 roku liczne grupy liberałów popierały na przyszłe stanowisko prezydenta Manuela J. Jimeneza. Był też odłam popierający Felixa A. Montero. Zanosiło się jednak na wygraną w wyborach Unii Katolickiej. W odpowiedzi Rodriquez polecił uwięzić jej głównego kandydata Jose Gregorio Trejosa. Wywołało to zamieszki (w Grecia od kul policji zginęło 14 demonstrantów). Przywódcy zmuszeni zostali do opuszczenia kraju.

Bezpośrednią przyczyną budowy Teatru Narodowego było pominięcie Kostaryki przez światowej sławy primadonnę Adelinę Patti podczas jej tourne po Ameryce Środkowej. Jako powód podano brak odpowiedniego miejsca do jej występu. Wydarzenie to podziałało na ambicję kawowych baronów Kostaryki. W 1890 roku uzgodnili oni, specjalny podatek eksportowy, z którego kwoty przeznaczane były na opłacanie zagranicznych, europejskich architektów, materiałów budowlanych (żelaza z Belgii, marmuru z Włoch), architektów i dekoratorów. Jednak w ciągu trzech lat udało się zebrać jedynie 5 % oszacowanej kwoty 3 milionów colonów. Dlatego w roku 1893 nałożono nowy podatek obowiązujący wszystkich obywateli. Od każdego kilograma importowanego towaru odprowadzana byłą kwota 1 centa. Ostatecznie budowę ukończonio w 1897 roku.

W 1896 roku ponownie doszło do kłótni dyplomatycznych między Nikaraguą i Kostaryką. 27 marca 1896 roku w San Salwador (Salwador) podpisany został traktat Pacheco-Matus. Kostaryka reprezentowana była przez Leonidasa Pacheco Cabezasa. Jednak spokój nie trwał długo. W 1898 roku zapachniało niemal wojną, kiedy doszło do kilku incydentów granicznych. Na skutek mediacji Gwatemali spór został zażegnany.

W 1896 roku Kostaryka zaczęła emitować swoje narodowe monety Colony. Zastąpiły one dotychczasowe złote i srebrne pesos.

Pierwsze na szeroką skalę prace archeologiczne w Kostaryce rozpoczął Szwed Carl V Hartman w 1896 -1897. Prowadził badania na stanowisku archeologicznym w Las Mercedes, w Mesecie Centralnej (Chinchilla, Curridabat, Concepcion) (1901) i na półwyspie Nicoya (Las Huacas) (1907). Prócz prac wykopaliskowych wykupywał on również przedmioty od kolekcjonerów (wcześniej rozgrabione przez szabrowników). Stanowiły one 3/4 z 12.000 znalezisk, jakie wywiózł do Szwecji.

Geografia
Parki narodowe
Historia
Kalendarium
Ciekawostki
Fauna i flora
Miasta
Prowincje
Osobistości
Wydarzenia