Dla ułatwienia kontaktów handlowych z Panamą, z rozkazu
gubernatora Gonzalo Vasqueza de Coronado wytyczono w 1601 roku drogę z Cartago
do Panamy. Mieszkańcy Cartago prowadzili nią muły, które następnie sprzedawane
były na targach w Panamie. Były pierwszym towarem eksportowym w
kraju.
Wizja Czarnej Dziewicy
2 sierpnia 1635 roku, w miejscu ustawienia dzisiejszej
bazyliki w Cartago, młodej mulatce zbierającej chrust (Juanie Pereirze), ukazała
się kamienna figurka Dziewicy Marii. Jeden z księży miał wówczas stwierdzić, że
jest to znak od Świętej aby kochać każdego bez względu na rasę. Uznano wtedy o
konieczności wybudowania na tym miejscu kościoła pod jej wezwaniem. (Dzisiaj
jest to Bazylika Dziewicy Marii odwiedzana rokrocznie przez pół miliona
pielgrzymów).
Założenie miasta Santiago de Talamanca
W 1605 roku Diego de Sojo z polecenia gubernatora Juana de
Ocon y Truillo, ufundował u ujścia rzeki Sixaola miasto Santiago de Talamanca. Nadał mu nazwę na cześć miejsca swych urodzin w Hiszpanii.
Leżąc na skraju regionu Talamanca, funkcjonowało ono dzięki powiązaniom
komercyjnym z Panamą oraz konstruowaniu statków. Założenie miasta uważa się za
pierwszy krok do podboju terenów Talamanca.
Pierwsza wizyta biskupa
W 1608 roku po raz pierwszy do Kostaryki przybył Pedro de
Villareal (biskup Kostaryki i Nikaragui). Podczas swego pobytu ścierał się
słownie z gubernatorem Ocon y Trillo.
Indiańskie rebelie
W 1610 roku aby nie dopuścić do kłótni pomiędzy gubernatorem Ocon y Trillo i dowódcą Gonzalo Vasquezem de Coronado trybunał Kapitanii powołał w miejsce regionu
Talamanca prowincję Dui i Mejicanos. Coronado otrzymał
oficjalny rozkaz podporządkowania dalszych jej części, co mimo wszystko wywołało ostry protest Ocona. Wyznaczył do tego zadania
porucznika Diego de Sojo. Ten odznaczał się bardzo złym traktowaniem Indian. Na
porządku dziennym były chłosty, obrywanie uszu i mordowanie. Zabijał on
indiańskich kacyków by zdezorganizować hierarchię w plemionach. Doprowadziło to
do tego, że 29 lipca 1610 roku wybuchło powstanie indiańskie. Indianie
wymordowali Hiszpanów w pień i spalili miasto Santiago de Talamanca.
Dalsze niepowodzenia
W 1611 roku kolejna ekspedycja do Talamanca pod dowództwem
Diego de Sojo kończy się fiaskiem.
W roku 1612, z Nikaragui wyruszają dwie ekspedycje. Jedna
pod dowództwem Pedro de Olivera posuwała się lądem, a druga (pod wodzą
Sebastiana Chacona de Luna) statkiem. Jednak również one zakończyły się
niepowodzeniem.
Dalsze podboje Talamanca
W 1615 roku miasto Cartago znajdowało się w fatalnym
położeniu. Poprzez brak indiańskich rąk do pracy, nieodnawiane domy popadały w
ruinę. Coraz bardziej więc wygrywała idea ponownej inwazji w Kordylierze
Talamanca, podczas której spodziewano się pojmać dużą populację Indian. Ówczesny
gubernator Juan Mendoza y Medrano nakazał przeprowadzenie kilku najazdów na to
terytorium. Odznaczał się on takim okrucieństwem, że z polecenia króla Hiszpanii
doprowadzony został do siedziby audiencji w Gwatemali. W 1619 roku jego następca Alonso del Castillo y Guzman udał się z oddziałami nad rzekę Tarire, gdzie złapano i skąd ściągnięto jako niewolników do Cartago 400 Indian.
Piraci
Kostaryka była miejscem częstych ataków piratów od XVI do
połowy XIX wieku. Największe pirackie napaści miały miejsce w wieku XVII.
Częste ich najazdy były bezpośrednią przyczyną upadku dwóch głównych,
kolonialnych portów morskich: Matiny na wybrzeżu Karaibskim oraz Esparza po
stronie pacyficznej. Duże zainteresowanie Kostaryką wiązało się z chęcią odnalezienia dogodnej przeprawy pomiędzy dwoma oceanami by z łatwością kontynuować wyprawy w kierunku Peru. Według historyków, okrucieństwa jakich dopuszczali się
piraci na wybrzeżach kostarykańskich były głównym czynnikiem osiedlania się
ludności w Mesecie Centralnej. Twierdzi się również, że częste ataki piratów na
Kostarykę, miały związek z jej strategicznym położeniem w przesmyku.
Pierwszym piratem, który zapędził się w rejon Kostaryki był
Francis Drake. Od 1579 roku, swoją bazę wypadową, miał na półwyspie Osa oraz
wyspie Cano. Atakował i grabił statki od Meksyku po Panamę.
Podbijanie regionu Talamanca
W 1662 roku po odejściu tymczasowego gubernatora
Andresa Ariasa, jego syn Rodrigue Arias Maldonado próbował na nowo podbić region
Talamanca i odbudować miasto Santiago de Talamanca. Indianie, którzy mu się
podporządkowali osiedlali się na brzegu rzeki Talire.
Wkrótce po tym, ze względu na złe traktowanie Indianie
zainscenizowali rebelię. W 1663 roku roku Maldonado zorganizował więc ludzi do
nowej ekspedycji do Talamanca. Na miejscu założył miasto Conamare. Jednak jego
ludzie zaczęli masowo dezerterować doprowadzając do tego, że został w górach
zupełnie sam. Niespodziewanie Indianie którzy go odnaleźli, dotknięci jego
uprzejmością, zaprowadzili go do najbliższej osady hiszpańskiej. Maldonado
dostał później od króła Hiszpanii tytuł margrabiego Talamanca.
Epidemie
W XVII wieku nastała wielka epidemia Pandemic. W latach 1611 - 1660 z mapy zniknęły całe miasta i wioski. Dosięgła również kacyków, którzy pozostawili swoich ludzi bez zwierzchnictwa.
Najazd Henry Morgana
W 1665 roku Hiszpania zamyka kostarykańskie porty ze
względu na zagrożenie atakami piratów. Rok później 600 piratów dowodzonych
przez Henry Morgana wylądowało w Portete, koło Limon i pomaszerowało na Cartago.
Wysłana na rozkaz gubernatora Juana Lopeza de la Flora armia kolonialna okopała się pod Quebrada Honda. Piraci na wieść o tym zdecydowali się na odwrót. Wydarzenie to uznano za cud i przypisano Dziewicy Concepcion de Rescate - patronki Ujarras.
Od 1670 roku, pewien pirat francuski regularnie atakował
pacyficzny port Esparza. Najsilniejsze zniszczenia przypadły na lata 1680 oraz
dwukrotnie na 1685. Po ostatnim z nich miasto opuszczone zostało przez
mieszkańców.
Rujnowanie Matiny
W 1676 roku, 800 piratów zacumowało w Portete i zawładnęło doliną Matina na
wybrzeżu Karaibskim, którą okupowali przez kilka miesięcy dopóki nie zostali
przepędzeni przez połączone siły hiszpańsko-indiańskie dowodzone przez
kostarykańskiego gubernatora Juana Francisco Saenza. Matina atakowana była także
w latach 1681, 1687, 1702, 1704 i 1740. W 1741 roku, aby zapobiec dalszym napadom,
wzniesiono Fort Fernando, jednak już rok później został on doszczętnie spalony
przez rozjuszonych korsarzy.
Skarby z Quepos
W 1671 roku liderzy kościołów w Panamie z obawy przed
spodziewanym atakiem pirata Henry`ego Morgana postanowili o załadowaniu na trzy
galeony 700 ton kościelnych precjozów. Statki wyruszyły na północ i istnieje
przeświadczenie, że ich ładunek wyładowany został w pobliżu kostarykańskiego
portu Quepos.
Kakao
W 1678 roku, dwadzieścia osiem lat po sprowadzeniu drzewek
kakaowych z Nikaragui, w prowincji Limon rozwinęło się 130 tysięcy ich
miniplantacji. Szczególnie duże były plantacje kakao w Matinie. Zakładały je
elity z Cartago. Zatrudniani na nich byli murzyńscy niewolnicy, którzy
przebywali tam w całkowitym odizolowaniu. Właściciele plantacji przybywali z
Cartago na wybrzeże jedynie dwa razy do roku sobie tylko znanymi ścieżkami przez
tropikalną dżunglę.
Kakao stanowiło pierwsze źródło bogactwa kolonialnej
Kostaryki, na długo przed tym jak sprowadzono do niej kawę. Pod koniec wieku
jednak znaczenie plantacji spadło ze względu na częste najazdy piratów, ataki
Indian z Nikaragui oraz dekrety władz hiszpańskich o obowiązku humanitarnego
traktowania Indian na plantacjach.
Tytoń i bawełna
Pod koniec XVII wieku wzrasta eksport bawełny i tytoniu. W
niektórych miejscach plantacje kakao ustępują miejsca uprawom tytoniu. W 1787
roku Gwatemala przyznaje Kostaryce wyłączność na handel tytoniem. W 1792 roku
jednak zostaje ona cofnięta ze względu na złą jakość towaru.