Teren składa się z rozległej aluwialnej równiny zalewowej, która powstała na skutek połączenia się delt rzek z ich meandrującymi korytami. Wybrzeże porośnięte jest lasami nadmorskimi z przewagą palmy kokosowej. W głębi lądu rozpościerają się bagniste dżungle, które poprzecinane są wstęgami uformowanych w 1969 roku rzecznych kanałów. Park całkowicie pozbawiony jest dróg kołowych, a transport odbywa się tylko i wyłącznie przy pomocy długich, motorowych czółen. Najwyższym szczytem parku jest Cerro Tortuguero (Szczyt Żółwia). Występują na nim liczne żaby, w tym mała żaba Eleutherodactylus bransfondi.

Swego czasu plagą byli polujący na żółwie kłusownicy. Sektor wodny parku styka się bowiem z wodami nie objętymi prawem ochronnym. Kres temu położył zakup nowoczesnych łodzi z oprzyrządowaniem radarowym.