Ze względu na biologiczną różnorodność jezioro Nikaragua nazywane jest “Galapagos Ameryki Środkowej”. Planowany przechodzący przez niego Kanał miałby mieć 29 metrów głębokości i 280 metrów szerokości. Średnia głębokość jeziora wynosi 9 metrów. Podczas budowy chińska firma HKND zamierza wydrążyć 715 m3 materiału z dna. (Dla porównania w ciągu 100-letniej historii Kanału Panamskiego wydrążono 550 mln m3). Enwironmentaliści zarzucają, że skażone pestycydami i rtęcią osady będą z powrotem wyrzucane do jeziora. Mają też zawierać materię organiczną co może stymulować eutrofizację. Duże ilości składników odżywczych stymulują wzrost roślin, głównie alg, a z braku tlenu i słońca do pomoru ryb i innych zwierząt. W Kostaryce znajduje się 20% zlewiska jeziora, co odpowiada za 75-84% osadów w nim. Jeśli Nikaragua chce uniknąć częstego pogłębiania musi współpracować z Kostaryką. Najbardziej efektownym ograniczeniem napływu osadów będzie kontrolowanie erozji poprzez kontrolę i zalesianie stoków w prowincji Guanacaste.